Thương mại điện tử đang ngày càng trở thành một phần quan trọng của nền kinh tế, tuy nhiên, việc quản lý thuế trong lĩnh vực này đang gặp nhiều thách thức. Theo báo cáo của Thanh tra Chính phủ, nhiều cá nhân và tổ chức kinh doanh trên các nền tảng thương mại điện tử như Google, Facebook, YouTube, Zalo… nhưng không đăng ký mã số thuế. Tình trạng này đã dẫn đến thất thu thuế, do thiếu các quy định kiểm soát dòng thanh toán.

Để khắc phục vấn đề này, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Bộ Tài chính bổ sung các cơ chế giám sát, kiểm tra việc kê khai và nộp thuế đối với tổ chức, cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử hoặc mạng xã hội. Bộ Tài chính đã phản hồi và cho biết rằng Luật số 56/2024/QH15 quy định, đối với hoạt động kinh doanh thương mại điện tử và các dịch vụ số được thực hiện bởi nhà cung cấp nước ngoài, họ phải trực tiếp hoặc ủy quyền đăng ký, khai và nộp thuế tại Việt Nam.

Đối với các hộ và cá nhân kinh doanh trên nền tảng thương điện tử, tổ chức là nhà quản lý sàn giao dịch thương mại điện tử hoặc nền tảng số có chức năng thanh toán, bất kể trong hay ngoài nước đều phải thực hiện khấu trừ, nộp thuế thay và kê khai số thuế đã khấu trừ. Bộ Tài chính cũng đề xuất quy định bắt buộc ‘các chủ thể kinh doanh thương mại điện tử xuyên biên giới phải thực hiện thanh toán qua cổng thanh toán chuyên biệt’. Biện pháp này sẽ giúp kiểm soát thông tin giao dịch, từ đó hạn chế thất thu thuế trong môi trường số.

Ủy ban nhân dân TP. Hà Nội cũng kiến nghị Bộ Tài chính bổ sung quy định hộ kinh doanh bắt buộc phải đăng ký tài khoản ngân hàng/giao dịch điện tử phục vụ riêng cho hoạt động kinh doanh. Thông qua tài khoản giao dịch riêng, cơ quan quản lý có thể kiểm soát dòng tiền thuận tiện hơn.

Theo báo cáo, tổng thu thuế từ các tổ chức, cá nhân có hoạt động thương mại điện tử trong giai đoạn 2022-2024 đạt khoảng 296.000 tỷ đồng. Riêng 6 tháng đầu năm 2025, số thu từ khu vực này đạt 98.000 tỷ đồng, tăng 58% so với cùng kỳ năm trước. Trong đó, 163 nhà cung cấp nước ngoài đã đăng ký thuế, kê khai và nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử với tổng số tiền là 5,7 nghìn tỷ đồng, tăng 41% so với cùng kỳ; 88,6 nghìn tỷ đồng tiền thuế đến từ gần 93.000 tổ chức, cá nhân có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử; số tiền thuế đã nộp từ 130 nghìn hộ, cá nhân kinh doanh thực hiện đăng ký thuế, khai thuế, nộp thuế trên Cổng thông tin điện tử là gần 1,7 nghìn tỷ đồng. Cuối cùng, số thuế thu được từ 752.176 trường hợp là cá nhân, hộ kinh doanh có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử với là gần 1,5 nghìn tỷ đồng.

Như vậy, việc quản lý thuế trong lĩnh vực thương mại điện tử đang được các cơ quan chức năng quan tâm và có những giải pháp cụ thể để hạn chế thất thu thuế. Việc áp dụng các quy định mới sẽ giúp tăng cường quản lý thuế và tạo ra một môi trường kinh doanh công bằng cho các doanh nghiệp.

Thanh tra Chính phủ đã đưa ra kiến nghị nhằm tăng cường công tác quản lý thuế trong lĩnh vực thương mại điện tử. Đồng thời, Bộ Tài chính cũng đã có những động thái cụ thể để triển khai các giải pháp quản lý thuế trong lĩnh vực này.